Zipaquira goza  de un clima de montaña, lo que genera en la cuidad una temperatura promedio de 11.5  grados centigrados  que es clasificado como clima frio, al estar ubicada en un altiplano , es golpeada por los vientos que son arrastrados por el rio Bogota y que chocan fuertemente con la falda  donde esta se encuentra ubicada .

Los dias de precipitacion  suelen ir en dos temporadas invernales , las heladas se dan en zona agricola  y en losparamos alrededor de todo el año estas destruyen las cosechas y dañan los cultivos .